O Departamento de Imunologia oferece disciplinas de graduação para alunos dos seguintes cursos: Ciências Biológicas (diurno e noturno), Ciências Biomédicas, Ciências Fundamentais para a Saúde, Ciências Moleculares, Enfermagem, Farmácia e Bioquímica (diurno e noturno), Fisioterapia, Medicina, Medicina Veterinária, Nutrição (diurno e noturno), Obstetrícia e Odontologia (diurno e noturno). Em geral, matriculam-se 1400 alunos por ano em 24 turmas. Além disso, oferece uma disciplina exclusiva de aulas práticas inter-semestral.
Alunos de graduação podem também desenvolver estágios nos laboratórios do Departamento de Imunologia ou atuarem como monitores em aulas, sob a supervisão de docentes. A maioria destes alunos é contemplada com bolsas de iniciação científica da FAPESP, CNPq ou da própria Universidade de São Paulo.